Il 22 aprile del 1500, Pedro Alvares Cabral e i suoi uomini navigarono per tre giorni risalendo la costa sud americana per trovare un punto d’attracco sicuro dove approdare.

I Portoghesi non sbarcarono a Porto Seguro (letteralmente Porto Sicuro), ma 15 km più a nord, a Coroa Vermelha, nei pressi dell’odierna cittadina di Santa Cruz Cabralia. Si trattò del primo sbarco ufficiale dei Portoghesi in terra brasiliana; qui I naviganti celebrarono la prima messa nella Nuova Terra, fecero provviste e salparono dopo solo dieci giorni dallo sbarco. Tre anni più tardi arrivò la spedizione di Gonçalvo Coelho, che lasciò un segno indelebile del suo passaggio in quella che oggi è la Cidade Alta di Porto Seguro. I gesuiti che facevano parte della stessa spedizione costruirono una chiesa, oggi in rovina, Outeiro da Gloria. Nel 1526 nella Cidade Alta fu costruito un avamposto navale con una cappella (Igreja NS da Misericordia) e un convento. Nel 1534, quando le colonie furono suddivise in capitanerie assegnate per diritto ereditario, Porto Seguro fu ceduta a Pedro de Campos Tourinhos, che fondò Porto Seguro e sette altri villaggi ognuno con la propria chiesa.